【约三1】「有一个法利赛人，名叫尼哥德慕，是犹太人的官。」
- 本节原文开头有个「但」字，表示尼哥德慕与二23那些看见主行神迹而信祂的人不同，他是真心要来追求真道。尼哥德慕的特点是：1) 他是一个法利赛人，属于当时最具影响力的犹太教宗派，热心祖宗的遗传（太十五1-2）；2) 他是一个犹太人的官，即犹太公会（最高议会）的成员，属当时犹太人社会的尊贵阶级；3) 他是一个敬畏神、寻求神心意的人（2节）；4) 他是一位老年人（4节），具有不少人生阅历；5) 他是一位以色列人的先生（10节），具有极高的教育水平；6) 他是一个谦卑的人，肯虚心向较他年轻的主耶稣移尊就教，并且恭称祂「拉比」（老师）（2节）；7) 从他和主耶稣的对话中可以看出，他是一个诚实且有道德的人。
- 尼哥德慕在本书中还会出现两次：一次在七45-52，他质疑犹太公会对待主耶稣的法律程序是否得当；另一次在十九38-42，他与亚利马太人约瑟一起埋葬主耶稣的身体。
【约三2】「这人夜里来见耶稣，说：『拉比，我们知道你是由神那里来作师傅的；因为你所行的神迹，若没有神同在，无人能行。』」
- 尼哥德慕在「夜里」来见主耶稣，可能是因为夜间没有闲杂人的打扰，也可能是不敢在日间公然见主，以免引起别人的敌视（七50-51；十九39），因为当时神的百姓正处于属灵的「夜里」。
- 「由神那里来」表示尼哥德慕所代表的人承认只有神与主耶稣同在，祂才能行奇迹。
- 「作师傅的」表明尼哥德慕想要从主耶稣领受更好的教训，以便改善自己在神面前的行为。他在主耶稣身上看见有出路，但却不认识主耶稣是谁。主耶稣道成肉身，并不是来作人的「师傅」，而是来赐人生命，叫人可以明白并认识神，又叫人可以活在神的国里。
上图：尼哥德慕夜访耶稣的剧照。
【约三3】「耶稣回答说：『我实实在在地告诉你，人若不重生，就不能见神的国。』」
- 尼哥德慕虽然说「我们」（2节），将自己与别人放在一起，但主耶稣却将他单挑出来。
- 「我实实在在地告诉你」是主耶稣的惯用语，提醒对方注意祂在下面所说的乃是重要的真理。
- 3节和7节里的翻译为「重」的字原文在约翰福音其他经节都含有「从上头」的意思，即从天上或从神的意思（三31，十九11、23），在新约其他地方也大都是「从上头」的意思（太二十七51；可十五38；雅一17，三15、17）。主耶稣在此是说神国度的继承人必须是神的儿女，是由神生的，也就是要接受「从上头」赐下的生命，让神对人的灵作彻底的改变。人只能靠「重生」进入神的国，不能靠自己的道德修养、属灵知识或热心事奉进入神的国。
- 主耶稣的回答与尼哥德慕的问题似乎毫不相干，祂其实是从根本上否定尼哥德慕所追求的方向。尼哥德慕以为人所需要的是好的教训，借以改善行为，但主耶稣强调人所需要的不是教训，而是生命，没有神的生命，就无法活出神所认可的行为。
【约三4】「尼哥德慕说：『人已经老了，如何能重生呢？岂能再进母腹生出来吗？』」
当时法利赛人相信在末日复活时，所有的犹太人都会进神的国，只有那些不信神且离经背道的人例外，所以尼哥德慕听到主耶稣的话相当惊讶。没有属天的生命，就无法明白属天的事，尼哥德慕误解了「重生」的意思，以为是再进母腹生出来。
【约三5】「耶稣说：『我实实在在地告诉你，人若不是从水和圣灵生的，就不能进神的国。」
- 「进神的国」就是「见神的国」（3节）。
- 当时犹太教接纳外邦人信徒，是给他们施行「水」的洗礼，将其全身浸入水里，以示洗净拜偶像的污秽，然后称他们为新造的人、或再生的人。
- 已经与主同死、同活，「从水生」，又有圣灵内住，即「从圣灵生」的人，不仅能明白神国的事，还能实际进入神的国里，享受其中一切的丰富。没有神的生命，就不能进入神的国，凡是重生的人，就已经迁到神的国里了（西一13）。
【约三6】「从肉身生的就是肉身；从灵生的就是灵。」
- 人无论回母腹再生多少次，仍然是肉身，无法改变其败坏的本质；人所需要的是在灵性上重生一次，而不是肉体上再生一次。
- 「从灵生的，就是灵」，前面的灵是指圣灵，后面的灵是指人的灵。圣灵是赐生命的灵（罗八2），祂让人知罪、悔改，在人里面做工，将人死在罪恶中的灵复活过来（弗二5）。
【约三7】「我说：“你们必须重生”，你不要以为希奇。」
「你们」将尼哥德慕代表的所有人都包括在内。
【约三8】「风随着意思吹，你听见风的响声，却不晓得从哪里来，往哪里去；凡从圣灵生的，也是如此。』」
- 人虽然能感受到风的吹动，并听到风吹动时所发出的响声，但因为看不见它，所以凭肉眼的感官难以理解「风」这个东西。圣灵在人身上的工作虽然肉眼不能看见，却是实在的，效果是可以看见的。
- 「凡从圣灵生的，也是如此」表明圣灵的重生也是如此：1) 完全是圣灵的工作（风随着意思吹），并不是人所能干预的；2) 是无形、看不见的（只能听见风的响声）；3) 人不明白自己是如何被圣灵重生的（不晓得从那里来，往那里去）； 4) 但人可以在生命中经历祂的实际（风吹和响声），从而确定它的存在是一个事实。
- 这里的「风」是双关语，原文可以是「风」、「气息」或「灵」的意思。
【约三9】「尼哥德慕问祂说：『怎能有这事呢？』」
【约三10】「耶稣回答说：『你是以色列人的先生，还不明白这事吗？」
关于被圣灵重生，旧约早有预言（赛四十四3，五十九21；结十一19-20，三十六24-27；珥二28-29；诗五十一10），但当时犹太教的领袖们却忽略了。
【约三11】「我实实在在地告诉你，我们所说的是我们知道的；我们所见证的是我们见过的；你们却不领受我们的见证。」
「你们」指尼哥德慕和他所代表的人。
【约三12】「我对你们说地上的事，你们尚且不信，若说天上的事，如何能信呢？」
- 「地上的事」指发生在地上的事，包括前面有关重生（3-8节）和后面有关救赎（14-16节）的讲论。
- 「天上的事」指发生在天上的事。祂是从天降下仍旧在天的一位（13节），因此祂晓得天上所发生的事。
【约三13】「除了从天降下、仍旧在天的人子，没有人升过天。」
- 「从天降下仍旧在天的人子」表明主耶稣的特性：1) 祂是「从天降下」、道成肉身（一14）；2) 祂虽活在地上，却「仍旧在天」，祂并不属于地，而超越过地；3) 祂在地若天，祂无论到哪里，就把天也带到那里。基督徒也是全然属天的，虽然我们今天还活在地上，却应当活在属天的性质中，无论我们在家中、学校、公司……，都让人感觉到「天」就在那里。
- 「没有人升过天」以诺和以利亚曾经升过天（创五24；王下二11），所以这里的意思是指没有人像主耶稣那种性质的升天，且像祂那样能够长远的在神面前为人祈求（来七24-25，箴三十4）。当时犹太人认为亚伯拉罕、摩西、以诺和以赛亚等人已升到天堂，将来会带着启示回到人间。
【约三14】「摩西在旷野怎样举蛇，人子也必照样被举起来，」
- 当以色列人出埃及后经过旷野时，因发怨言而得罪了神，神就使火蛇进入百姓中间，有多人被蛇咬死；后来他们认罪，神便吩咐摩西举起铜蛇，替他们受神的审判，凡被蛇咬的，一望那铜蛇就活了（民二十一4-9）。
- 主耶稣将被钉在十字架上，乃如铜蛇被举在杆上，以色列人因仰望铜蛇而得活，罪人因相信主耶稣而永生，整个救恩都是主耶稣成就的，人不需要自己做什么，只要用信心去接受祂所成就的，就能得着永生。
- 「举起」这动词在约翰福音总共出现5次（三14×2，八28，十二32、34），每次都指主耶稣被钉十字架。
【约三15】「叫一切信祂的都得永生。（或作叫一切信的人，在祂里面得永生。）」
- 这就是主耶稣对尼哥德慕问题的回答：只要相信主耶稣就能重生，并且得到永生，重生是永生的开端，永生是重生的继续。
- 「信」字原文是「信入」，也就是「接受」祂的意思（一12）。
- 「信」这个动词是现在式，表示一直、持续地相信。
- 「永生」不仅是永远存在，因为「永死」也是永远存在，所以「永生」不仅是说到时间，更是说到性质。「永生」就是在基督里面神的生命，不仅在时间上是永久的，在性质上也是圣洁、完美的。
- 「永生」是约翰福音的主题：
- 人所经历的永生的本质，就是「认识祢——独一的真神，并且认识祢所差来的耶稣基督」（十七3）。这「认识」不单是知道而已，更是与神恢复关系。
- 永生的完全实现是在末日复活以后，但我们今生就能经历一部分永生：「我实实在在地告诉你们，那听我话、又信差我来者的，就有永生；不至于定罪，是已经出死入生了」（五24）。
- 父神是永生的源头：生命从祂而来，祂也赐给圣子同样的生命（五26）。因此，生命在基督里头（一4），祂是复活与生命（十一25），真理和生命（十四6），这生命是所有人的光（一4），使凡跟随祂的人「就不在黑暗里走，必要得着生命的光」（八12）。
- 主耶稣道成肉身的使命就是永生：「我来了，是要叫羊得生命，并且得的更丰盛」（十10），「因为神的粮，就是那从天上降下来、赐生命给世界的」（六33）。为此主耶稣必须舍去生命：「我所要赐的粮就是我的肉，为世人之生命所赐的」（六51），「我是好牧人，好牧人为羊舍命」（十11），「我为羊舍命」（十15）。
- 主耶稣透过祂的话将永生赐给人：「我实实在在地告诉你们，那听我话、又信差我来者的，就有永生」（五24），「我对你们所说的话就是灵，就是生命」（六63）。
- 从人来说，当人透过主耶稣的话相信祂的时候，就得永生（15-16、36节，六40、47，二十31）。
- 从神来看，人得永生是因他「不是从血气生的，不是从情欲生的，也不是从人意生的，乃是从神生的」（一13）。
【约三16】「神爱世人，甚至将祂的独生子赐给他们，叫一切信祂的，不至灭亡，反得永生。」
- 「神爱世人」原文是「因为神如此爱世人」（英文ESV、NASB、KJV译本），「如此」和「照样」（14节）是同一个字，意思是神用让祂的儿子「也必照样被举起来，叫一切信祂的都得永生」（14-15节）的方式来爱世人。神「差祂的儿子为我们的罪作了挽回祭，这就是爱了」（约壹四10）。
- 「世人」原文与「世界」（约壹二15）同字，指犯罪堕落而构成世界的人，他们原是神按照祂自己的形象造的。「信」字原文是「信入」，是现在式，表示持续的状态。真实的相信乃是归入基督里面，而且一直、持续地相信。
- 「灭亡」在原文并不含丧失知觉或停止知觉活动的意思，圣经里面所谓「灭亡」的刑罚，是有痛苦知觉一直到永远的。「永生」就是认识神，与神恢复关系，并且今生与永世都经历这关系所带来的一切福气，而「灭亡」则相反，就是今生与永世都错过这些福气，因为「神的震怒常在他身上」（36节）。
- 16-21节是使徒约翰对此事意义的评论。
【约三17】「因为神差祂的儿子降世，不是要定世人的罪（或作审判世人，下同），乃是要叫世人因祂得救。」
主耶稣第一次降世不是为了审判人，而是为了拯救人。当祂第二次再来的时候，天父就将最后审判的责任交给了祂（五22），主耶稣当年在世时所说的话就要被用来定那些拒绝接受之人的罪（十二48）。
【约三18】「信祂的人，不被定罪；不信的人，罪已经定了，因为他不信神独生子的名。」
- 「信祂的人… 不信的人」不是指暂时的「信」或「不信」，而是指持续的「信」或「不信」。信主的名等于信主自己。世人最大的罪，就是不信主耶稣，「不爱光倒爱黑暗」（19节），轻看、藐视、忽略神的救恩。
- 「信祂的人不被定罪」，乃是因为这些人按着神的方法除掉罪，也按着神的方法接受了对的生命。主耶稣就是神所应许的唯一方法，叫相信祂的人不被定罪。
【约三19】「光来到世间，世人因自己的行为是恶的，不爱光，倒爱黑暗，定他们的罪就是在此。」
人被定罪的原因不是因为罪行的轻重或多少，而是因为人生命的本质不对，这生命使人拒绝神、更拒绝神的方法，所以只好自己去承担罪的后果。
【约三20】「凡作恶的便恨光，并不来就光，恐怕他的行为受责备。」
「作恶」在原文不是指偶尔作恶，而是指习惯作恶。世人不信基督的原因，是「因自己的行为是恶的」（19节），而基督的光会显明人行为的不善，让他们心里不舒服，所以就恨恶光、不接受主耶稣。
【约三21】「但行真理的必来就光，要显明他所行的是靠神而行。』」
- 「行真理的」就是相信神话语的人，也是行神话语、倚靠神的人。
- 「靠神而行」意思是「照着神的所是而生活行动」，「行真理的」人必然会来寻找主耶稣，为要确定自己所行的是否讨神喜悦。
【约三22】「这事以后，耶稣和门徒到了犹太地，在那里居住，施洗。」
事实上主耶稣并不亲自施洗，乃是由祂的门徒施洗（四2）。
【约三23】「约翰在靠近撒冷的哀嫩也施洗；因为那里水多，众人都去受洗。」
「哀嫩」及「撒冷」的位置都不能确定。「水多」可能指当地有很多水泉或溪流，并不一定暗示当时的施洗乃是将人的全身浸入水里，因为水泉或溪流并没有那么深。
【约三24】「（那时约翰还没有下在监里。）」
有关施洗约翰被下在监里的事，参见太十四3-5。
【约三25】「约翰的门徒和一个犹太人辩论洁净的礼，」
【约三26】「就来见约翰，说：『拉比，从前同你在约旦河外、你所见证的那位，现在施洗，众人都往祂那里去了。』」
可能那位「犹太人」在辩论中说约翰的施洗比不上主耶稣的施洗（25节），因而激怒了约翰的门徒。
【约三27】「约翰说：『若不是从天上赐的，人就不能得什么。」
每个人的恩赐、工作和果效都是神所赐的，「若不是从天上赐的，人就不能得什么」，所以事奉神的人不应该彼此攀比、彼此嫉妒，不必斤斤计较、证明自己，不可自高自大，也不可妄自菲薄。
【约三28】「我曾说：“我不是基督，是奉差遣在祂前面的”，你们自己可以给我作见证。」
神的仆人不是基督，而是基督的见证人，所以一切的荣耀都当归给基督。
【约三29】「娶新妇的就是新郎；新郎的朋友站着，听见新郎的声音就甚喜乐。故此，我这喜乐满足了。」
- 古代犹太人婚礼习俗，新郎的朋友（伴郎）负责将新郎带到新妇面前，在洞房花烛夜时等在外头。「新郎的声音」是指新郎确认他娶的是一位处女时发出的欢愉之声，此时伴郎的责任才算了结，并且因新郎的喜悦而一同快乐。
- 这里的「新妇」是指犹太人，「新郎」指基督，「新郎的朋友」指施洗约翰，施洗约翰的任务就是把基督介绍给犹太人，所以当施洗约翰看到「众人都往祂那里去了」（26节）的时候，不但不嫉妒，反而为之快乐。
【约三30】「祂必兴旺，我必衰微。」
「祂必兴旺，我必衰微」这是属灵长进的定律。真正的属灵长进，乃是基督的生命在我们里面逐渐兴旺、我们肉体的生命逐渐衰微，乃是我们把基督显明在世人面前更多、我们自己在世人面前更少。
【约三31】「从天上来的是在万有之上；从地上来的是属乎地，他所说的也是属乎地。从天上来的是在万有之上。」
- 「从天上来的」指主耶稣。「从地上来的」指施洗约翰。
- 我们不但要完全认识主，也要认识自己「属乎地」的本相。「从地上来的」人所说的见证、讲道不管有多好，终究「他所说的，也是属乎地」，所以传福音要多说神的话，少说人的话。人所解说的再精彩、再正确，也比不过神带着能力的话语本身，因为「从天上来的，是在万有之上」。
【约三32】「祂将所见所闻的见证出来，只是没有人领受祂的见证。」
主耶稣的教训，乃出于祂属天的经历。「只是没有人领受祂的见证」，并不是说完全没有人接受主耶稣的见证（33节），而是指没有圣灵感动的人，根据自己的本相都拒绝接受。
【约三33】「那领受祂见证的，就印上印，证明神是真的。」
「印上印」是专门用语，意思是将信件或布袋密封起来，盖上认可的图章，确保没人修改其中的内容，比喻接受主耶稣见证的人都证明神是真实的。
【约三34】「神所差来的，就说神的话；因为神赐圣灵给祂，是没有限量的。」
- 拉比文献（Leviticus Rabbah 15:2）中说：「圣灵降临在先知身上也是如此的各有不同的分量，一位先知能说一本书的预言，而另一位则能说两本书」，即神依照祂交托给先知的任务而赐下不同分量的圣灵。
- 「神赐圣灵给祂，是没有限量的」意思是说，神浇灌在主耶稣身上的圣灵比所有先知都多，所以主耶稣的话就是神的话（七16；八28；十二49；十四10）。
- 神的仆人都应当避免说出于自己的话，只说「神的话」。
【约三35】「父爱子，已将万有交在祂手里。」
- 「父爱子」，是圣父「将万有交在祂手里」的原因。
- 「父爱子」是约翰福音中不断出现的主题：圣父将荣耀赐给圣子，是因在创世之前祂已爱了祂（十七24）；圣父爱圣子，因为祂愿舍下生命，且能再取回来（十17）；圣父对圣子的爱是天父对信徒之爱的模式（十七26），也是主耶稣对信徒之爱的模式（十五9）。
- 圣父不但「将万有交在祂手里」，也将一些别的东西交给了圣子：审判的责任（五22、27），在祂里面有生命（五26），所有的信徒都是祂的（六37、39，十29，十七6、9），管理全人类的权柄（十七2），圣名（十七11、12），荣耀（十七22、24）。
【约三36】「信子的人有永生；不信子的人得不着永生（原文作不得见永生），神的震怒常在他身上。』」
- 因为「父爱子，已将万有交在祂手里」（35节），接下来就发生两件事：首先，「信子的人有永生」，我们最蒙神喜悦的事，就是相信圣父所爱的圣子；其次，「不信子的人得不着永生，神的震怒常在他身上」，我们最让神忿怒的事，就是拒绝接受圣父所爱的圣子，藐视、弃绝圣子为我们舍弃的生命。
- 「有」是现在式，表示永生是现在就可以拥有的，信的人不是要等到将来才可以得着。
- 「常在」表示一个罪人不要期望神的震怒最后会消失。我们永远的结局如何，完全在于我们如何对待神的儿子，千万不要为自己积蓄忿怒，惹神「震怒」（罗二5）。